To σχολείο μας, ιδρύθηκε με το ΦΕΚ 1856/τ.Β΄/13-09-2007 και λειτούργησε για πρώτη φορά τη σχολική χρονιά 2007-2008 με την ονομασία Τ.Ε.Ε. Ειδικής Αγωγής Α’ βαθμίδας Νάξου και τους ακόλουθους τομείς και ειδικότητες: 

Στο σχολείο μας αυτή την στιγμή υπάρχουν τέσσερις (4) τομείς.

• Γεωπονίας, Τροφίμων και Περιβάλλοντος με ειδικότητα: Τεχνικός Ανθοκομίας και Αρχιτεκτονικής Τοπίου
• Ηλεκτρολογίας, Ηλεκτρονικής και Αυτοματισμού με ειδικότητα: Τεχνικός Ηλεκτρολογικών Συστημάτων, Εγκαταστάσεων και Δικτύων
• Μηχανολογίας με ειδικότητες:
• 1.​Τεχνικός Μηχανικός Θερμικών Εγκαταστάσεων και Μηχανικός Τεχνολογίας Πετρελαίου και Φυσικού Αερίου 
• 2. Τεχνικός Οχημάτων
• Πληροφορικής με ειδικότητα: Τεχνικός Η/Υ και Δικτύων Η/Υ.

Συστεγάζεται με το σχολικό συγκρότημα του ΕΠΑ.Λ Νάξου στο Φιλώτι, έχοντας στη διάθεσή του αίθουσες για να καλύψει τις ανάγκες διδασκαλίας των θεωρητικών μαθημάτων καθώς και τους εργαστηριακούς χώρους του Ε.Κ Νάξου για τις ανάγκες των εργαστηριακών μαθημάτων.
Από το σχολικό έτος 2016-2017 με το ΦΕΚ 2532/τ.Β΄/17-08-2016, έγινε μετατροπή της σχολικής μονάδας από ΤΕΕ Ειδικής Αγωγής Α΄ Βαθμίδας Φιλωτίου Νάξου σε “Ειδικο Επαγγελματικό Γυμνάσιο Νάξου”.
Το 2017-2018 λειτουργεί για πρώτη φορά και Ειδικό Επαγγελματικό Λύκειο.