Το σχολείο διαθέτει 4 αίθουσες διδασκαλίας, ένα ανεξάρτητο χώρο που λειτουργεί σαν κουζίνα,  ένα γραφείο Διευθυντή και εκπαιδευτικών, δύο τουαλέτες και ένα ενιαίο χώρο για την αποθήκευση των υλικών και εργαλείων του σχολείου. Μια από τις αίθουσες διδασκαλίας διαθέτει πέντε σταθερούς Η/Υ και χρησιμοποιείται για τη διδασκαλία του μαθήματος της πληροφορικής.
Τα εργαστηριακά μαθήματα του Ηλεκτρολογικού και Μηχανολογικού τομέα πραγματοποιούνται στα αντίστοιχα εργαστήρια Ηλεκτρολογίας και Μηχανολογίας του Ε.Κ. Νάξου. Τα εργαστηριακά μαθήματα του τομέα Γεωπονίας πραγματοποιούνται στο θερμοκήπιο που διαθέτει το σχολείο μας.